書いたっけかな。神戸でのことっ。

申請する書類

１．臨床プロトコール

２.  標準作業手順書

３．報告書

図を使って貰えなかったので、コピペします!! 残念!!

たくさんの種類のソースからiPS細胞をつくっても、最後は収束するっていう話!! 西野さんの渾身の図を貼り付け!! 　結構、良い図なんだけど、やはり一般的ではないのかな。

Inducedpluripotent stem cells (iPSCs) could offer a promising alternative forscientists who have found themselves frustrated by the legal and scientific challengesassociated with embryonic stem cell (ESC) research. These cells are derived by expressingselected genes within fully-differentiated adult cells, essentially ‘reprogramming’them into a pluripotent state that closely resembles ESCs.

However, itremains unclear whether the resemblance is strong enough for iPSCs to replaceESCs. For example, chromosomes are chemically marked in ways that stronglyaffect gene expression via so-called ‘epigenetic’ effects; these marks can varydramatically between ESCs and adult cells, but some studies have suggested thatiPSC epigenetic marks may not resemble those from either cell type.

To resolve thisand other questions, a team led by Keio University’s Akihiro Umezawa recently examinedDNA methylation patterns in a diverse array of iPSC lines¹. “Epigeneticmodifications such as DNA methylation are considered to be a critical to thereprogramming of iPS cells from somatic cells,” explains lead author KoichiroNishino, a researcher at the University of Miyazaki. “We wanted to know whetherhuman iPSCs generated from various types of cells are dissimilar from eachother, and how continuous cultivation influences the differences between iPSCsand human ESCs.”

Theyexamined 22 human iPSC lines derived from five different cell types, andcompared their DNA methylation patterns relative to the ‘parent’ tissues fromwhich they were generated and five independent ESC lines. Strikingly, the DNAfrom iPSCs exhibited a significantly greater extent of methylation relative toother cells, and the researchers determined that this hypermethylation appearsto occur in a highly dynamic and seemingly unregulated manner in the early aftermathof reprogramming, after the resulting iPSCs have been ‘passaged’ through severalrounds of cell division.

“Theaberrant hypermethylation in iPSCs occurs randomly throughout the genome,” saysNishino. “Even so-called ‘inherited’ methylations, which are considered to havecome from the parental cells, are non-synchronous and stochastic, much like theother aberrant methylations.” Importantly, the methylation process appears tostabilize in subsequent passages, and iPSCs eventually acquire methylationpatterns that closely resemble those observed in ESCs.

Giventhe breadth of the analysis performed by Nishino and Umezawa and colleagues,these results appear to reflect a general characteristic of iPSCs and couldfacilitate future efforts to obtain ESC analogues for regenerative medicineapplications. “iPS cells have to be standardized for clinical use,” saysNishino. “The number of aberrant, differentially-methylated regions could beused as a validation index for iPSC identity.”

 

1.    Nishino, K., Toyoda, M., Yamazaki-Inoue,M., Fukawatase, Y., Chikazawa, E., Sakaguchi, H., Akutsu, H. & Umezawa, A. DNAmethylation dynamics in human induced pluripotent stem cells over time. PLoS Genet. 7, e1002085 (2011).

西野さんの図

細胞は複雑系

休みの日に研究室の諸君に大集合をかけた。仕事をしている過程で、ずっと思っていた疑問をYT氏が解いてくれた。結論は、当たり前のようなことで「細胞は複雑系」なんだということ。だから、シミュレーションの精度が極端に低く、化学反応や流体のようにはいかないって話。当たり前で恐縮なんだけど、工学系に使用される素材は（生物系に比較すれば）複雑ではない。コンピュータのチップなんて複雑じゃないかと反論したら、見た目はとても複雑だけど個々の素材とは構成物は比較的単純。比較の問題。

ひとつの分子に注目するか、細胞という構造体に注目するかで、複雑度は極端に変わる。抗体だって、構造自体は複雑だけど、モノクローナル抗体を産生するハイブリドーマに比較すればひとつの蛋白質なので、管理しやすい。製造だって簡単。それに対して、細胞って複雑で論文にも統計処理をしないとデータがとれないこともある。そのp値も高いよね。

そうだ。p値の問題だ。そうなんだ。疑問が解けちゃったな。みんなは知っていたことかもしれないけど。疑問が解けてなんか嬉しい。

目的の細胞への分化だって、確率論で語られるし、遺伝子変異の表現型にしたって、確率論だ。浸透率なんてその最たるもの。その確率的頻度が細胞では、確からしさの値が低くても問題にならない（なるという方は多いんだろうけど、他の分野に比較してってことです）。考えてみると、細胞より、個体の方が複雑だな。

全てのものは物理理論で決められていることは疑う余地はない。でも、それが複雑になってしまうのは、要素が多い。それだけのこと。細胞には無視できない要素が多すぎ。変な感じだけど、宇宙の話なると単純な感じがするのに、地球の話になると複雑な感じがする。

YTさん、ありがとう!!　その筋の専門家には怒られるだろうなと指摘されたけど!!　単純なもんかって。あくまで、比較です。比較の問題ですし、ある部分の話です。だからどうしったっていう話です。でも、とてもすっきりしたのは事実です。

宇宙　　　　　　　　　versus  細胞

テレビやコンピュータ　versus  細胞

化学物質、薬　　　　　versus  細胞

抗体　　　　　　　　　versus  細胞

細胞　　　　　　　　　versus  脳・生物体

極論すれば、「一般的に!!」見たい現象（検証したい現象）に注目すると、宇宙より地球の方が複雑な感じがする!!

疫学が、今ではビッグジャーナルで君臨している。他の学問がリサーチクエスチョンのレベルが相対的に低くなったのかな。p値は決して高い訳ではないと思う。

iPS/ESから始原生殖細胞を。

京都大学の斎藤教授の

「iPS/ESから始原生殖細胞を造って、体外受精でマウス個体を作製できた。」のはすごいよね。

ES/iPSをActivin/bFGFで処理してエピブラスト様細胞を作製して、ｓれにBMP4, BMP8b, SCF/LIF/EGF処理で、始原生殖細胞様細胞を作製して、マウス精巣に移植。マーカーはBlimp1, Stella。できた精子をICSIするとマウス産出。

今までの発表との違いはなんといってもマウス産出!! これはすごい!!

卵子もできっかね。

言葉

ゼロリスクでないと言うことを恐れるな。論理だって説明できることが大事。

一部をパクリ（讀賣新聞 11月7日記事）

。。。物事にゼロリスクを求めがちであるが、イノベーションに伴う新しいリスクと、必要なコストという要因があることを。。。　　つまり、この世の中で、ゼロリスクを求めることがいかに困難で、非現実的かとうことを思いを致して頂きたいのである。

Geron社に関することはあまり知らないんだよね。

Geron社　カルフォルニア州メロンパーク

第一相試験

安全性検証

四例目登録されている。

2011年にCIRMから25Mドルの助成を受けている。

California Irvine, Hans Keirstead博士

オリゴデンドロサイト細胞混合物

2 x 10^8 (200万個）のGRNOPC1を脊髄損傷部位に注入。

幹細胞関連事業を引き継げる企業を探している。

RP

網膜色素変性症

PEDFといったサイトカイン療法（遺伝子治療だそうだ）

iPSによる細胞治療

原因遺伝子は

RP1

RP9

RP11

RDS

RHO

参考）眼科領域の遺伝子治療

加齢黄斑変性症

レーバー先天盲