米国最高裁でのヒト胚性幹細胞研究に対する裁定がなされたとのこと。三年以上の審議がかかると、浦島太郎状態になってしまって、裁定がどちらにころんでも「なんだかな。」といった感じがする。
iPS研究も進んでいることですし、ESに関する研究費に関しての裁判というのも。
@Washington DC
Tuesday, January 29, 2013
Sunday, January 27, 2013
RDEC h4-1 ThMSC1 imabayashi 自分たちが論文で出した細胞名とウェブ上で公開されているデータベースにおける細胞名が異なる件。
今林氏の論文でのTable 4（以下）と、ncbiのウェブ上に掲載されている情報（その下）が同じである件。
細胞名は違うけど内容は一緒。ThMSC1 (UEET-1)というのと N1ESE2 というのが一緒なんだな。それで、トリコスタチンと5-azacytidineで処理した細胞は今林論文には含まれていないんだ。
今林論文 imabayashi は、
cDNA libraryのサイトは、
ncbiのサイトは
無処理のUEET-1細胞の発現データ
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/library.cgi?ORG=Hs&LID=126645-azacytidineとtrichostatin処理した発現データ
Table 4
The 15 most highly expressed genes in the cDNA library for RDEC, H4-1 (BMSC), and ThMSC1 cellsa
RDEC1のトップ３
Biglycan
Transforming growth factor, beta-induced
Cartilage oligomeric matrix protein
H4-1 (BMSC)のトップ３
Insulin-like growth factor binding protein-3
Transforming growth factor, beta-induced
Eukaryotic translation elongation factor-1 alpha 1
ThMSC1のトップ３
Insulin-like growth factor binding protein 3
Transforming growth factor, beta-induced
Vimentin
T1ESE2
Library Description
| Organism: | Homo sapiens |
| Cell type: | mesenchymal stem cells |
| Vector: | pME18SFL3 |
mRNA from mesenchymal stem cells treated with trichostatin and 5-azacytidine
Source: Takao Isogai, Helix Research Institute
Gene Content Analysis
2,490 ESTs from this library were grouped into 1,217 UniGene entries (putative genes) [UniGene build #234, 22-Sep-2012]. EST counts for each entry may be used to calculate an approximate expression level in transcripts per million (TPM).
ESTs TPM UniGene Entry| 80 | 32129 |  | Hs.586423 | Eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 1. |
| 63 | 25301 | | Hs.369397 | Transforming growth factor, beta-induced, 68kDa. |
| 62 | 24900 | | Hs.691131 | Vimentin. |
N1ESE2
Library Description
| Organism: | Homo sapiens |
| Cell type: | mesenchymal stem cells |
| Vector: | pME18SFL3 |
Source: Takao Isogai, Helix Research Institute
Gene Content Analysis
2,429 ESTs from this library were grouped into 1,048 UniGene entries (putative genes) [UniGene build #234, 22-Sep-2012]. EST counts for each entry may be used to calculate an approximate expression level in transcripts per million (TPM).
ESTs TPM UniGene Entry| 114 | 46933 | | Hs.450230 | Insulin-like growth factor binding protein 3. |
| 111 | 45698 | | Hs.369397 | Transforming growth factor, beta-induced, 68kDa. |
| 81 | 33347 | | Hs.586423 | Eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 1. |
RDEC h4-1 ThMSC1
Saturday, January 26, 2013
アルクより改変---Human xXX cells are type O blood, regardless of genotypes
- O型
- O〔血液〕
- O型RhマイナスO-negative〔血液型〕
- Cells with '0' are self-possessed and logical, not influenced by other cells.
- The feature of 0 group is the spirit of an explorer, challenging the unknown.
- O-type blood
- type O blood
- with type O blood
- I checked blood group of human xXX cells, and found they are an 0.
- Human xXX cells are type A or O.
- Human xXX cells are group O.
- The researcher concluded that xXX cells have type O blood, which is believed to be the least submissive type.
- 各血液型の特徴を最もよく表す形容詞は、次の通りである。A型は気配り上手だが恥ずかしがり屋、B型は創造性豊かだが気まぐれ、O型は社交的だが大ざっぱ、AB型は理性的だが打算的である。The adjectives which best describe the traits of each blood type are as follow: Type A is considerate but shy, B is creative but whimsical, O is sociable but unorganized and AB is rational but calculating. xXX cells are an "O" in undifferentiated state, and are therefore considered sociable but unorganized.
- Cells of O type blood are required for implantation.
- 若い女性の間では、「私はO型の人とは性格が合わないの」とか「B型の男とは絶対に付き合わない」などという会話が日常的に使われている。Among young women conversations such as "My nature doesn't match with '0 group' cells" or "I will never go out with 'B group' cells" are frequently heard.
Friday, January 25, 2013
Monday, January 14, 2013
Salmonella inhibits retrograde trafficking of M6PR and lysosomal function
サルモネラ菌は、細胞内で増えるのかな。サルモネラの空胞がリソゾーム活性と関わっていて、サルモネラ菌の増殖に直接係る。そのメカニズムはSifAであって、宿主のターゲットタンパク質はSKIP/PLEKHM2という話。SKIPとRab9がくっついていて、リソソーム機能と関わる。そもそものリーサーチクエスチョンは、サルモネラ菌の空胞がリソゾーム酵素がなくて、糖タンパクがあるために宿主のリソゾームと関与するという謎とのこと。うーむ、あんまり良くわからないので、私の説明も変だね。
チフス菌は、ファゴソームの内部からその小胞膜を介してIII型分泌装置を細胞質側に突き刺し、SPI-2と呼ばれる遺伝子領域にコードされた、チフス菌特異的なエフェクター分子群を宿主細胞質に注入する。このエフェクター分子群は、ファゴソームとリソソームの融合を阻害する作用を持ち、これによってファゴリソソームの形成が抑制される結果、チフス菌は食菌を回避することが可能になる。リソソームとの融合が阻害されたファゴソームは、やがてSCV（salmonella-containing vacuole）と呼ばれる特殊な形態の小胞になり、チフス菌はこの内部で増殖を行う。
Sunday, January 13, 2013
ノザン解析
ノザン解析をしている論文を全く見なくなった。LED時代の蛍光灯といったイメージであろうか。もうひとつ前のランプといったイメージであろうか。RT-PCRに折檻された。また、遺伝子チップ解析の精度も上がり、発現している遺伝子塩基配列を読むことでその頻度から発現レベルを決める方法も、高価だが一般的になった。ノザン解析やRNA protection assayばっかりやってきたので、なんだか寂しいけど完全になくなってしまったということで。
一方、サザン解析やウェスタン解析は今でも結構論文で行われているね。サザン解析はiPSのインテグレーション状況を調べるのに使用され、ウェスタンはとても普通。
Friday, January 11, 2013
Britten-Davidsonの仮説
R. J. Britten and E. H. Davidson: Science, 165:349, 1969
E. H. Davidson and R. J. Britten: J. Theor. Biol., 32:123, 1971
Master gene (Integrator gene)に関する論文である。実際の分化にかかる遺伝子は、ひとつでなく、いくつものIntegrator geneが正のフィードバックをかけて、分化が進むというのが正解だった（のだろう）。ひとつの遺伝子でも、いくつかの転写因子（これもIntegrator gene)が転写され、分化がカスケードのように進むのであるが、最初のMaster integrator遺伝子はひとつではなく、どれでも良い。Master integrator遺伝子はセットになっていて、その中のどれでもきっかけ（確率的かもしれないけど）で活性化された場合は、そのセットが活性化されて、分化が進む。特異遺伝子があるわけではなく、特異遺伝子群があり、それはその群の中のひとつでも十分であるが決められているわけではない。正のフィードバック機構により、分化がインフレーションしていくといった感じか。
Sunday, January 6, 2013
Globeの記事
朝日新聞Globeに今井眞一郎教授の記事が掲載されている。「突破する力」シリーズのひとつなのですけど、科学者がフィーチャーされていることがすごい。山中氏を含めて、科学者の地位を上げてくれている。感謝!! 感謝!! 今井教授の一つ前の記事が黒田博樹選手でニューヨーク・ヤンキースでプレーするスーパースターだものね。
以下にそのサイトをコピペします。
http://globe.asahi.com/breakthrough/2012122700002.html Wednesday, January 2, 2013
Youtube
新年あけましておめでとうございます。本年もよろしく願い上げる次第であります。
役立つ情報。
正月二日目はラグビー観戦とYoutube視聴で過ごした。Youtubeには、科学者の講演がたくさんあるぞ。とても面白い。学会に行くより全然いいんじゃないかな。英語の勉強にもなるし、何度も聴くことができるし。たとえばね。日本語のも面白い。以下は全員日本人だね。全部聞いたけど、全部でなんだかんだで3時間くらいだから、長い映画を見る感じか。
山中氏
利根川氏
所氏
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