再生医療についてのロードマップ

へたな報告書を読むより、こっちの方が役に立つ。というか、役に立つ情報源を得るための情報がupdateされている。
月刊誌は、作成に半年かけているので、出版するときには遅い感じになっている。ブログとかTwitterの方が早い。多少の不正確性なんて問題でない。

http://blog.livedoor.jp/nikohope/
http://twitter.com/NikoKato

ppGalNAc-T13

ppGalNAc-T13: is expressed in neuron.
ppGalNAc-T13: A New Molecular Marker of Bone Marrow Involvement in ...
27 Jul 2006 ... Conclusion: We propose ppGalNAc-T13 as a new informative marker for the molecular diagnosis of BM involvement and the follow-up of minimal residual disease in NB patients.

???　たくさんありすぎて分からない。
T10
T20

Y family
W family




Human Molecular Genetics,
An FGF23 missense mutation causes familial tumoral calcinosis with hyperphosphatemia
Anna Benet-Pag??s et al.

Familial tumoral calcinosis (FTC) is an autosomal recessive disorder characterized by ectopic calcifications and elevated serum phosphate levels. Recently, mutations in the GALNT3 gene have been described to cause FTC. The FTC phenotype is regarded as the metabolic mirror image of hypophosphatemic conditions, where causal mutations are known in genes FGF23 or PHEX. We investigated an individual with FTC who was negative for GALNT3 mutations. Sequencing revealed a homozygous missense mutation in the FGF23 gene (p.S71G) at an amino acid position which is conserved from fish to man.

糖 modification of snail in E-M transition

CHO (carbohydrate)--- Yonsei Univ

Inhibitor of O-GlcNAccase: NAG-thiazoline (NTZ)
O-GlcNAc transferase: OGT

O-GlcNAc on p53 in Yang, WH, et al., Nat Cell Biol 2006. O-GlcNAc-modified p53 is stabilized.

NFkB p65 O-GlcNAc modification.
O-GlcNAc protein modification in cancer cells

GFAT increases
UDP-GlcNAc

Active snail repress E-cadherin via binding to its recognition sequence in E-cad promoter (Nat Cell Biol, 6:931, 2004). O-Glcacylated snail.

GSK3beta is also involved in snail phosphorilation (by Park). Snail by Trcp
snail modification by OGT can promote repression of E-cadherin, and increase EMT.

Phosphorylation (EMT repression) and glycosylation (EMT promotion) has differential roles in snail stability, i.e. EMT.

歯周靭帯

歯と歯槽骨との間に骨髄間質細胞を導入する。歯周靭帯、歯槽骨、歯が形成される。特に、歯周靭帯は行けるらしい。Tenomodulinをマーカーとして観ていくべきである。見よう！！！

twitter
http://twitter.com/kanshitsu

RIの教え

785 up-r at aE. Fourteen genes were selected for further cardiomyogenic analysis. PA and AM919CL was infected with 14 genes. STR analysis eliminates possibility of contamination. Karyotypes are intact. in vivo implantation analysis reveals immature c formation with transformation. Withdrawal experiments of single genes shows 9 genes alone are capable of generating colonies.

2nd: 9 genes
3rd: 3 genes

AM919CL-2nd is best for further analysis, based on RT-PCR of marker genes. 2nd#1 and 2nd#2 do not show karyotypic abnormality. in vitro differentiation of 3rd#3 was not successful.

2nd#2

Sucloning, please.

Immortalized, maybe. II down-regulation during cultivation.

A樹HAMA田氏の教え

AのEはcに変化有り。対象（正常年齢）をたくさん（20）用意する必要有り。mやcへのd顕著。cとmは別々のプロトコール。抗体名を覚えなくちゃね。分化した後でT発現を見よう。移植に使えるのかね。

ポイント：AのEは、d (c and m)に特徴あり。c変異が多い。

理由付け：H analysisとPCAで、B(s)は変化なし。
　　　　　Aのegに理由を求めた。10個のあり。でもこれは無理だろう。距離有り。

glt（何だかな？）に差がある。house keeping genesでの発現があったらもっとおもしろい。

骨髄間質 kanshitsu

分子生物学を用いた戦略の成熟が「間葉系幹細胞と骨髄間質細胞」にかかる基礎研究の衰退に関係してるんかなと思っています。多分化能にしても、造血細胞との相互作用についても、新しい分子がでてきても、びっくりしなくなっている。1980年代であれば、何にも分かっていなかったものね。

臍帯血って、動脈からとるんだったけかな。静脈からとるんだっけかな。

YK氏の答え：両方。静脈の方が太いので、静脈から取ること多い。臍帯は、静脈1本、動脈2本。なお、静脈には動脈血が流れている。

YKさんに感謝。

臍帯血は臍帯静脈（胎盤から胎児に流入：1本のみです）から採取します。太くて血液採取は
簡単です。胎盤が大きければたくさん採れます。
臍帯動脈は胎児から2本流出しており、胎児の酸素供給や代謝の状態を評価するために
採取しますが、細いので１ｍｌも採取できないこともあります。

NI氏に感謝。

臍帯血って、動脈からとるんだったけかな。静脈からとるんだっけかな。生きているときに見たことないからよく分かっていない。

Ksuke岡B氏の教え

結局、Nで全部の説明がつく。毛が生えるのは、Nのおかげと仮説を立て、進めた方が早い！と思う。みんな時間がないだけじゃない。私も残された研究時間がない。間葉系幹細胞と骨髄間質細胞を作業しなきゃ。

Key words 分化誘導したものをアッセイする必要があるかなと思う。Tがどのくらい出るのか？

Blimp1 is down-regulated during iPS generation.
Deep sequencing
Epigenetics (Genome, miRNA)
Sugar
BioInformatics

ゲノムの不安定性はいつでも見られる。臍帯血の細胞についても、初期培養、継代少ないとき、継代多いとき。どのくらいの頻度で、ゲノムに変異が蓄積されてしまうのか。

Genomic alteration in cultured human ES cells. Nature Genetics これをT氏のお父様に送付する。Tさんの息子さん、すごいです。Nature誌に４つも論文を掲載するなんて。

動物でいくらやってもダメである。iPS細胞の場合は完全に自己になるので、腫瘍形成実験は無駄である。
検出限界（SO氏）は20％から30％である。これは増幅も欠損もである。横の長さに関する限界は、数KBである。もし、検出限界を上げるには、コロニーをピックアップして増やしていけば良い。とてもお金かかるけどね。

Eの標準化にかかるための情報にかかるストックがあるので、E, i。

生物学的効果（発癌）
体外培養
SSEA-sorted feeder-free

iPS細胞、ES細胞のゲノムに関する変異率が間葉系幹細胞に適応されるはずがない。

結論
Key words 分化誘導したものをアッセイする必要があるかなと思う。移植するのは、分化細胞だからね。Tがどのくらい出るのか？

FGFは軟骨細胞の増殖を抑制

他の方がまとめたブログをそのままコピー。すみません。というかありがとう。だいたい日本語のブログになっていなければ絶対読まない。

http://blogs.yahoo.co.jp/iwatobipenguins2002

Kolpaeca V et al. PLoS ONE. 2008;3(10):e3447. Epub 2008 Oct 17.

FGFは軟骨細胞 (chondrocyte) の増殖を抑制することが知られています。この増殖抑制にはp107/p130 Rb protein familyが関与しており、特にp107の脱リン酸化はもっとも初期に認められる反応です。RSC chondrocyteにcyclin D1/cdk4を発現させるとFGF刺激によるp107脱リン酸化とgrowth arrestに抵抗性となり、一方でcyclin E/cdk2活性とlate phageにおけるp130リン酸化の持続的な上昇が引き起こされます。FGF刺激後PP2Aとp107の結合が観察され、SV40 small T-Ag発現、もしくはPP2Ac siRNA KDによりPP2A活性を抑制するとFGF刺激によるp107脱リン酸化、growth arrestが阻害されました。FGF刺激による軟骨細胞の増殖抑制にはPP2Aによるp107脱リン酸化が関与している可能性が示唆されました。

antibiotics selection

neomycin
puromycin
zeocin
hygromycin
blascitidin

あと２つって何だっけ。

KOkamoto氏とTI氏の教え

iでできることがある。診断だ。Genomeを全部見るのはたいへんだけど、cをみればきっとmutation分かる。なーるほど。そういう使い方があったか。

Km氏に電話して、IでのGenomeの見方を教わる。全部見るのに30回もやる。ええっ、たいへん。アノテーションもたいへん。程度によるとのこと。100万円もかからないらしい。アノテーションはどのくらいのコストがかかるのか。

DK氏の教え

肉は軟骨をつくる。しかし、肉を増やすと軟骨はできなくなる。肉なしは軟骨をつくらず。でも肉なしには軟骨の元がある。肉なしを増やすと軟骨になる。肉を増やすとその中に軟骨の元が復活することはあるのかな。肉陽性は培養しても肉陽性、肉なしは培養すると肉陽性に。全部RT-PCRの話。

TS氏が初期培養でこれはやらなくてはいけないといっていた。Friend leukemia cellsの話で言っていたが、そうなのかな。
Friend cell を使った研究は、初期細胞とは異なる。
Leukemic cell purgeはうまくいっていない。
Plasticity: 低頻度のため、臨床応用困難。

肝臓細胞だって、間葉系細胞、内皮細胞、胆管細胞が必要であると思われる。

網膜をつくるのに必要な転写因子の順番

Six3---Pax6 and/or Rx---Otx2---Crx---Nrl

NeuroD position is unknown.

Nrl null mice have only blue cones in the retina (PNAS). This means that Nrl functions rhodopsin formation.

M法の展開---N研究

間葉系細胞におけるTの発現が1/1000で検出できるというのは、すばらしいです。i、Eの分化にM法が使えると考えています。簡単に言えば、M法で検出限界以下であれば移植していいという「判断」です。iの腫瘍化の問題：　検出限界以下であればいいんじゃないか。M法が一番である。すくなくともそのような観点から始めればいいと考える。または、定量できる系が必要である。希釈実験をiとEで行うべきである。G1234も上皮癌も大事だよね。Tの発現の違いはみたいな。

Tの標準値ってなんだろう。できればcDNAのランダム配列をみたことのある細胞で検討するといいだろう。標準細胞ってないのか。ランダムシークセンスしてある細胞株がいいだろう。Tの発現を、その細胞とImabayashi論文での細胞とふたつをリファレンスとするといい。どっちにしても、リファレンスは多い方がいいにきまっている。YT氏に相談すべし。リファレンス細胞でT発現をみるとき、細胞あたりの絶対分子数がいいのか全体のmRNAの中における割合（何パーセント）という言い回しがいいのかは考えるべきである。これも両方あった方がいいに決まっている。

伊藤敬一，飯ヶ谷知彦，ほか：初回化学療法後８年の経過で，後腹膜残存奇形腫にMalignant transformationを認めた精巣腫瘍の一例，日本泌尿器科学会誌，89(6): 622-626，1998

歴史

1953 Watson Crick Discovery of double helix
1977 Sanger method
1983 PCR by Morris
2003 Human genome sequence 50 years after the W-C discovery

コホート

症例対照研究で見つかった疾患関連遺伝子が一般人口（コミュニティー）でどれくらい（頻度）、どのように（分布）存在しているか。絶対リスク、相対リスク、寄与リスクの解明・検証。介入の足場としてのコミュニティ。遺伝子と疾患発生との関係が注目。

フラミンガム研究 (Framingham Heart Study)
　1948年　5209名
　1971年　5132名　（子どもたち, offspring）
　第三世代3500名
成果：高血圧から心不全へ進展。左室肥大と脳卒中。HDLコレステロール高値と死亡リスク減。心理的社会要因と心疾患。

課題 川崎

iPS---NO,TadaakiKato,KeioPsy,NCCHD

autism

M氏の教え

Sとるとデブになる。K下がるとTあがる。またはK上がるとT下がる。またはT下がるとKあがる。または、T上がるとK下がる。Sとるとけんかせず。S半分トルと子できず。SはAを変化。

MIYADOIPASGREAT

フルオロウラシルクリーム

日焼けによる肌損傷の軽減。

ひさびさに骨髄間質の話。
　HoxB4を分泌するストローマは、臍帯血細胞に取り込ませることにより、2.5倍のSRC (Scid-repopulating cell). HoxB4 is expressed in only AE!!! by Yayoi.

Nature Medicine 9: 1423, 2003, Amsellem-S.

生体内には神経堤由来の特徴を持つ間葉系幹細胞と血管周囲細胞の特徴を持つ間葉系幹細胞が存在する。

Medical Tribune に載っていた面白い話。
飲酒しても。
１．飲酒しても。未成年と成人の女性の魅力は変わらないと判断。
２．飲酒しても。男女とも、未成年女子の方が魅力的と判断。
３．飲酒は、化粧の濃い高齢女性を魅力的に。
４．飲酒しても、女性の年齢判断は変化せず。

脳とこころの話 by 山鳥重教授

心のありかについての記載。 at Brain and Mind vol. 10, page 8.

http://www.brain-mind.jp/newsletter/10/story.html
ああ、神戸学院大学出身の家族が、ここで記載されている学生と同じことを言っている。

話が飛びますが、かのパスカルはパンセの中で、
It is not in space that I must seek my human dignity, but in the ordering of my thought.
と言い、また、別のところで、
Through space the universe grasps me and swallows me up like a speck; through thought I grasp it.


http://www.brain-mind.jp

赤ちゃんからお母さんへの情報発信ーーー母子間バイオコミュニケーション

Peter Andrews Cell Stem Cell Paper

DOI 10.1016/j.stem.2009.04.011

An attractor
A basin of attraction basinとは盆地。

The size of its basin of attraction reflects its robustness.

In physics, a complementary description of a dynamical system is often its energy. The energy of a system at different states defines a landscape with respect to the variables, in which the height of the landscape represents the energy of particular states of the system... The movement of a system from one attractor to another is given by deterministic rate equations.

GATA-1, PU.1 Sca-1

男性不妊でPLC zetaに変異

Human Reproduction 24: 2417-2428, 2009

卵子と融合しても不反応な精子では、卵活性化にかかわるPLC zetaが正常に機能していない。

LVADの記事

細胞移植のパートナーとしてのLVAD.

http://ctsurg.exblog.jp/5060338/

上記のサイトからそのままテキストをコピー・ペーストさせてもらいました。良く書かれており、分かりやすい。

もともと主に心臓移植までの短期間のつなぎ(Bridge to Transplantation)として数多く使われて来たLVADですが（2005年の１年間で600例以上）、性能の向上とともに長期間の使用に耐えうることがわかってきました。

それでは「心臓移植できない人に永久使用できないか」ということで1998年始められたランダマイズスタディが有名なREMATCHトライアルというものです。
重症心不全患者を内科治療群とLVAD治療群に分けてその成績を比べたら、LVADを入れたほうが生存率でもQOLの面でも優れている事がわかり、FDAは心臓移植非適応患者に対するLVADの永久使用(Destination Therapy)を2002年認可しました。

しかし、これまでは拍動型ポンプといってポンプ本体内にある板を上下することによって、血液を押し出すタイプが主流でしたが、サイズが大きくて小さな体型の人に埋め込むには無理があること、耐久性にまだ問題があること、出血や感染といった合併症の問題が解決されていないことから、積極的に永久使用目的に入れる施設はあまりありませんでした。

ところが、以前紹介したような軸流ポンプ、遠心ポンプという超小型定常流ポンプが最近登場しました。小さいだけでなく、パイロットスタディでは手術の合併症や耐久性は拍動流ポンプより良さそうです。この次世代定常流ポンプの長期成績を調べるPhase 2臨床スタディがすでに始まっています。

また拡張型心筋症の人にLVADを付けて心臓を休ませてあげると、数ヶ月後に心機能が回復して LVADから離脱できる人がたまにいるのですが、生理的な心筋肥大を促す薬を投与することによって、70％以上の患者さんが離脱できたという報告が最近されました(NEJM 2006;355:1873)。それまではせいぜい20％くらいだったので、かなり画期的な報告です。薬だけでなく遺伝子導入や細胞移植なども試みられています。

全米で心不全患者は500万人。毎年30万人が亡くなり、それに対する医療費も300億ドルにのぼるそうです。心臓移植は年間たった2000例。この巨大なマーケットに各医療機器会社が必死になるのも無理はないかもしれません。今後さらに高性能なポンプが出て来たら、人工心臓を付けて歩いている人をしばしば街で見かける（外からはわかりませんが）日が来るかもしれません。

細胞占い

チップで解析した結果から、その細胞の性格を当てるのは、占いに似ている。当たるもはっけ、当たらぬもはっけ。でも、当たることが多いのでとても役に立つ。

# 当たるも八卦(はつけ)当たらぬも八卦（占いは的中することもあるし、外れることもある）。

細胞医療の治療対象疾患

キラー・アプリケーション

CL6 cardiomyogenesis by a cardiomyogenic factor "Gremlin"

http://www.youtube.com/watch?v=IblinFgBMbk

daisu777
daisuke kami

twitter ID: kanshitsu
http://twitter.com/

ES or EG細胞からPGCへの分化

Anne McLarene 博士が論文を記載した。
Generation of primordial germ cells from pluripotent stem cells

http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B983X-4X0W4Y3-1&_user=10&_coverDate=10%2F31%2F2009&_rdoc=9&_fmt=high&_orig=browse&_srch=doc-info(%23toc%2359054%232009%23999219997%231493143%23FLA%23display%23Volume)&_cdi=59054&_sort=d&_docanchor=&_ct=18&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=26f366faccccc7ba3a889f96db694b31

木村透先生と仲野徹先生の学会抄録より。
PI3K/AktシグナルがPGCの分化能制御。
Serine-threonine kinaseのAkt　PTENはPI3Kに拮抗する脱リン酸化酵素をコードし、PI3K/Aktシグナルを負に制御。Akt-merでAktシグナルの活性化で、ES細胞からPGC様細胞（Akt sphere）を分化誘導することができる。mvhとともにscp3が発現するようになり、減数分裂までいくかもしれない。上の論文でもscp3が発現するところまでいっている。

サイトメガロウィルス感染を線維芽細胞にするとSSEA-1発現する。bytPeter Andrews

サイトメガロウィルスだけでなく、HIVでもそうらしい。Peter Andrews博士がそのように言っていた。

Tra-1-60陰性のES細胞は、元の未分化細胞に戻れない。一方、SSEA-3陰性のES細胞は、SSEA-3陽性未分化ES細胞に戻ることができる。Tra-1-60陰性ES細胞は、どんどん分化していき、もとに戻ることはない。

血管再生医療

閉塞性動脈硬化症
バージャー病
　　膝上ならカテーテルか手術。
　　膝下なら単核球移植。先進医療として保険適応される。5施設あり。
　　　　　　　千葉大学
　　　　　　　神奈川県立循環器呼吸器病センター
　　　　　　　東京都健康長寿医療センター
　　　　　　　大阪市立大学病院
　　　　　　　京都府立医大
　　大阪市立大学
　　　　骨髄液と末梢血単核球の併用。
　　　　末梢血から50ミリリットルの単核球をとりだし、100本の注射器で移植。

痛みがとれる。
　　

CML（慢性骨髄性白血病）の治療

慢性骨髄性白血病の治療
　　昔はなし。学生時代は治療なしと習った。
　　次に骨髄移植。
　　20年前にインターフェロン出現。
　　2001年にグリベック。
　　　　　　服薬一生
　　　　　　自己負担3割で、毎月11万円。
　　　　　　高額療養費制度で毎月4万4千円。年間50万程度。

wolfram site

http://www.wolframalpha.com/

Dropbox Evernote

いいらしい。

p53で山中氏はips細胞ができやすいと。

GATA4, Tbx5, smarcd3で、竹内氏はできやすいと。

K氏は、CD24増え, CD29減り、SSEA-4増え、HLA-ABC減り、

"Bone from Brain"がDifferentiation誌で引用10位。

Differentiationという雑誌の引用で、現在のところ、まだ10位にいる。近い将来、いなくなりそうなので、ここにコピーします。

Extracted from Scopus (on Mon Sep 28 17:41:40 BST 2009)

250 Role of polyamines in the control of cell proliferation and differentiation
Volume 19, Issue 1, 1981, Pp 1-20
Heby, O.
229 Pluripotent mouse embryonic stem cells are able to differentiate into cardiomyocytes expressing chronotropic responses to adrenergic and cholinergic agents and Ca2+ channel blockers
Volume 48, Issue 3, 1991, Pp 173-182
Wobus, A.M. | Wallukat, G. | Hescheler, J.
227 Lens differentiation in vertebrates. A review of cellular and molecular features
Volume 19, Issue 3, 1981, Pp 134-153
Piatigorsky, J.
197 Muscle satellite cells are multipotential stem cells that exhibit myogenic, osteogenic, and adipogenic differentiation
Volume 68, Issue 4-5, 2001, Pp 245-253
Asakura, A. | Komaki, M. | Rudnicki, M.A.
185 Monoclonal antibodies specific for glial fibrillary acidic (GFA) protein and for each of the neurofilament triplet polypeptides
Volume 25, Issue 2, 1983, Pp 193-203
Debus, E. | Weber, K. | Osborn, M.
182 A dual effector theory of growth-hormone action
Volume 29, Issue 3, 1985, Pp 195-198
Green, H. | Morikawa, M. | Nixon, T.
168 Endothelial-like cells derived from human CD14 positive monocytes
Volume 65, Issue 5, 2000, Pp 287-300
Fernandez Pujol, B. | Lucibello, F.C. | Gehling, U.M. | Lindemann, K. | Weidner, N. | Zuzarte, M.L. | Adamkiewicz, J. | Els??sser, H.-P. | M??ller, R. | Havemann, K.
166 Stem cell concepts
Volume 14, Issue 1-2, 1979, Pp 23-34
Lajtha, L.G. | Holtzer, H.
160 Matrix metalloproteinases in tumor-host cell communication
Volume 70, Issue 9-10, 2002, Pp 561-573
Lynch, C.C. | Matrisian, L.M.
159 Brain from bone: Efficient "meta-differentiation" of marrow stroma-derived mature osteoblasts to neurons with Noggin or a demethylating agent
Volume 68, Issue 4-5, 2001, Pp 235-244
Kohyama, J. | Abe, H. | Shimazaki, T. | Koizumi, A. | Nakashima, K. | Gojo, S. | Taga, T. | Okano, H. | Hata, J.-I. | Umezawa, A.