Embryonic stem cell-based therapy for hyperammonemia

https://sites.google.com/site/akihiroumezawa/embryonic-stem-cell-based-therapy

Hyperammonemia is a metabolic disturbance characterized by anexcess of ammonia in the blood, and is a dangerous condition that leads tomental retardation.  Primaryhyperammonemia is caused by inborn errors of metabolism such asornithine transcarbamylase (OTC) and carbamoyl phosphate synthetase I inthe urea cycle.OTC deficiency (OTCD) is an X-chromosome-linked disorder and is severe inhemizygous boys. Hemizygous boys often develop this disease during the neonatalperiod, and the patient often dies during this period. Living donor livertransplantation has been indicated for neonatal-onset type OTCD, and outcomesare favorable. However, neurological impairment associated with hyperammnonemicepisode of OTCD often occurs before liver transplantation that is usuallyperformed at an age of 5 months. For bridging to liver transplantation, we aimto perform embryonic stem cell-based therapy to a patient with OTCD to preventhyperammonemia. To this end, we prepared hepatocytes derived from humanembryonic stem cells as an investigational new drug.  Sequencing analysis revealed that theembryonic stem cells as a raw material have intact the urea cycle-associated enzymes.The products expressed enzymes and exhibited metabolic activity of ammonia invitro. To perform proof of concept (POC) studies in a disease model, wegenerated immunodeficient mice with OTCD, which can receive human embryonicstem cell-derived products. In addition, we generated OTCD pig by the nucleartransfer technique to establish treatment protocol and surgical procedure. Drug(cell) disposition can be determined by using these animals. In this study, we introduceresults of our preclinical POC data and non-clinical pharmacology andtoxicology. 

pi3k 深見教授よりご指導。

ブログも役に立つ

カウンセリング・ブックを紹介した日がある。個人的にはVol 2が好きなんだけど、Vol 1もとても良い。誰が企画したブックレットなんだろうかと思っていたら、今日、企画した方のお知り合いがいらした。このブログを見てくれたとのこと。ブログもいいね。

カウンセリング・ブックは既に研究室の皆に紹介して読むように言った。企画がいいんだよね。先日も書いたけど、お母さん、お父さんへの応援を具体的に記載したノウハウ本という位置づけ（私の中で）。とても良い。アサーティブっていうのかな。基本姿勢に共感できる。

武豊中学校の修学旅行の研修で国立成育医療研究センターを選んでくれた皆にVol 2を紹介しておみやげに持って行ってもらった。Vol 2もいいんだよね。まずはVol 2から読んで、そして興味を持ったらVol 1。中学生でも分かるはず。

私自身四人の子どもがいて、その子どもの友達たちが何人かが治療を受けている。いつも私は何も分からない。自分が信頼する医師を紹介するだけ。今度からカウンセリング・ブックも紹介しよう。もちろん、そのような機会がないほうがいいんだろうけど、仕方がない場合がある。

今度、カウンセリング・ブックを企画した方とお会いできる機会をつくってくれると今日仲間が言っていた。ありがとうございます。お会いできることを楽しみにしております。よろしく願い上げます。

化学と幹細胞研究の境界が真空状態であったこと---それを解決したのが以下の３つの論文---

三つの論文。

この投稿した論文が掲載された雑誌のインパクトファクターがなんと40超えた。なお、一番上の論文は表紙になっている。インパクトファクターの順位を下に貼り付けてました。Chemical Review誌は第四位。内容を読んでいただくと分かるのですが、それぞれ気合が入った論文です。是非、ご一読を。全部を第一著者の方が執筆しています。迫力ありです。

Physical cues of biomaterials guide stem cell differentiation fate.

Higuchi A, Ling QD, Chang Y, Hsu ST, Umezawa A.

Chem Rev. 2013 May 8;113(5):3297-328. doi: 10.1021/cr300426x. 

       Biomimetic cell culture proteins as extracellular matrices for stem cell differentiation.

Higuchi A, Ling QD, Hsu ST, Umezawa A.   

Chem Rev. 2012 Aug 8;112(8):4507-40. doi: 10.1021/cr3000169.  

Biomaterials for the feeder-free culture of human embryonic stem cells and induced pluripotent stem cells.

Higuchi A, Ling QD, Ko YA, Chang Y, Umezawa A.

Chem Rev. 2011 May 11;111(5):3021-35. doi: 10.1021/cr1003612.

1	CA-CANCER J CLIN	0007-9235	13722	153.459	88.550	27.040	25	3.3	0.05170	29.478
	2	NEW ENGL J MED	0028-4793	245605	51.658	50.807	12.667	360	8.0	0.65776	21.494
	3	REV MOD PHYS	0034-6861	35720	44.982	51.882	6.478	46	10.0	0.13048	32.634
	4	CHEM REV	0009-2665	112596	41.298	45.795	14.335	176	8.2	0.22661	14.294
	5	NAT REV GENET	1471-0056	23358	41.063	36.400	6.314	70	4.9	0.12498	18.755
	6	LANCET	0140-6736	166922	39.060	36.427	9.556	313	9.1	0.36193	14.524
	7	NATURE	0028-0836	554745	38.597	38.159	9.243	869	9.6	1.57508	20.844
	8	NAT REV MOL CELL BIO	1471-0072	31341	37.162	44.026	5.985	65	5.7	0.15052	22.646
	9	ANNU REV IMMUNOL	0732-0582	15963	36.556	43.742	8.429	28	8.6	0.04898	23.273
	10	NAT MATER	1476-1122	46348	35.749	42.376	8.411	141	5.2	0.22788

老眼

最近、論文はコンピュータ上で読むことが多い。昔はコンピュータ上で読むことは全くできず、必ずプリントアウトしてから読んだ。今は、プリントアウトしても、Natureの論文なんて字が小さすぎて全く読めない。コンピュータは液晶上でバックライトがついているし、読みやすいし、字を大きくできる。老眼のおかげでコンピュータ上で論文を読めるようになり、プリントアウトする手間と金銭が節約できるようになった。

STUDY の DRP001084 が全体を統括するもので 関連データにアクセスし易くなっているはずなので、 論文等への記載は DRP001084 を使ってください。

ID: umezawa

Password: いつもの最後がiでなくて1。

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[Submission ID]
umezawa-0002

[Hold date]
2013-07-02

[Accession number]
Object Accession number (Alias)
SUBMISSION: DRA001062 (umezawa-0002_Submission)
STUDY: DRP001106 (umezawa-0002_Study_0001)
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 [SubmissionID]
 umezawa-0001

 [Releaseddate]
 2013-06-20

 [Accession number]
 Object      Accession number
 SUBMISSION:  DRA001042
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            DRX011922
            DRX011923
            DRX011924
 RUN:        DRR013030
            DRR013031
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            DRR013033
            DRR013034
 ------------------------------------------------------------------------------------

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 Datarelease policy:
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umezawa-0001

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2013-06-11

[Accession number]
Object       Accession number (Alias)
SUBMISSION:  DRA001042 (umezawa-0001_Submission)
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             DRX011921 (umezawa-0001_Experiment_0002)
             DRX011922 (umezawa-0001_Experiment_0003)
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RUN:         DRR013030 (umezawa-0001_Run_0001)
             DRR013031 (umezawa-0001_Run_0002)
             DRR013032 (umezawa-0001_Run_0003)
             DRR013033 (umezawa-0001_Run_0004)
             DRR013034 (umezawa-0001_Run_0005)
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2013-06-19
Sincerely yours,
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DDBJ Sequence Read Archive

ふたつのMSC

また、スペックの話。

未分化状態のES細胞とかiPS細胞とか、スペックを決めるのは（比較的）むずかしくない。不死だし、スペックが基本的なところは何も変わらないから。老化によるスペック変化がない。

ふたつのMSCは、そんな訳にいかない。分裂ごとに細胞サイズが大きくなる。知っていた？困るよね。細胞の遺伝子発現も異なるし。。。　元々の組織から採取するけど、組織ごとに違う性質を持っている可能性が大。脂肪組織由来は脂肪に分化しやすいMSC...  

スペックという発想は、再生医療だけじゃなくて、希望する形態全部に通じる。たとえば、今度のディズニーランドに行くための規格（企画）設定（スペック）はどんなの？　こんなことは言わないか。

明日は中学生が見学に来る。私は一般市民への講演では、結構評判がいい。一方、中学生への話はダメ。明日は中学生が喜んでくれるのだろうか。液体窒素を見せて、細胞見せて、病院見せて、科学者たちを見せて、後は何を見せようか。どうしよう。xxxさんに頼んだっけ。どんなスペックなんだろう。

Ataxia Telangiectasia

OMIM

http://www.omim.org/entry/208900

Medical Foundation

http://www.ninds.nih.gov/find_people/voluntary_orgs/volorg17.htm

The SNP genotyping by SNP array data was uploaded to the ncbi web site (GSE47498: Increased X-ray sensitivity and sustained chromosomal stability in Ataxia Telangiectasia-derived induced pluripotent stem (AT-iPS) cells, GSM1151202: AT1OS cells, GSM1151203: ATiPS-262 cells at passage 17, GSM1151204: ATiPS-263 cells at passage 27, GSM1151205: ATiPS-264 cells at passage 25, GSM1151206: ATiPS-024 cells at passage 25). 

Wales versus Japan 2013 Test 2 @ Chichibunomiya

http://www.youtube.com/watch?v=ycKC1bk7L0Y

四人の助っ人（外国人）がとてもがんばっていた。フランカーの選手（ツイともう一人）。センターの選手。

二人の海外でがんばっている選手の気合が伝わってきた。

英語ができる選手が多かった。キクタニ、タナカ、ホリエ。

ウェールズにも南アフリカからの助っ人がいた。

五郎丸選手のキックがすごかった。キッキング・ゲームに外国相手に勝つってすごい。ペナルティーゴールも良かったし、トライフォアポイントも良かった。Test 1のミスが帳消し。見た目もカッコいい。

昔、カーディフだったかな、ウェールズ相手に善戦したことが思い出される。30年くらいまえの話。フッカーは藤田選手。今、藤田選手と言えば、ウィング。松尾選手と小西選手がいたな。プロップは太田選手だったか。

スクラム頑張ったな。反則は取られたけど、頑張っていたよな。

ラインアウトはがんばっていたよな。

タックルをがんばっていたよな。タックル後のターンオーバーも多かったな。

トリッキーなプレーで勝ったというより、実力で勝ったという感じ。

暑さは味方になった。

Test 1が伏線になっていた。

Mr Jonesの気合もすごかった。

フランス遠征が生きた。日本代表ってエコノミーで移動ってご存知でしたか。ジョーンズ監督もだぜ。将来は全員ビジネスで遠征してもらえるようになるといいね。もちろん日本代表だけだけど。

日本語の放映はなかったって悲しい。

カウンセリングブック

カウンセリングブックという小冊子を職場で見かけた。小児がんに関係する本で、ママとパパへのメッセージが書かれている。このブックは、とても良くできていて、読んで勉強になり、ためになった。ノウハウが満載で、考え方のフレームが提示されている。ノウハウが変にいわゆる道徳的な押し付けがなく、やれる範囲でとなっている。小児がんに関係する病児を持つおかあさんとおとうさんへの本なのだけど、基本的な考え方は、普通の子育てとなんら変わらなく、職場にいる仲間に渡した。下に表紙を貼り付けてました。素晴らしい本です。なお、Vol. 2もあるよ。Vol. 2もとってもいいよ。

Uploaded data of BMC Saito et al. will be released on Nov, 2015

The entries are scheduled to be released on Nov 2015.

 * You may view your GSE42099 study at:
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE42099
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/linking.html.
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE42099


 Accession      Title 
 --------------------------------------------------------------------------
 GSE42099       Gene expression signatures for human iPSC and ESC lines
 GSM1032378      1_KhES-1_p26           
 GSM1032379      2_KhES-1_p26           
 GSM1032380      3_KhES-1_p26           
 GSM1032381      4_KhES-1_p26           
 GSM1032382      5_KhES-1_p26           
 GSM1032383      6_AM-iPS-3 (Sage)_p11       
 GSM1032384      7_AM-iPS-3 (Sage)_p12       
 GSM1032385      8_AM-iPS-3 (Sage)_p13       
 GSM1032386      9_AM-iPS-6 (Hyssop)_p7       
 GSM1032387      10_AM-iPS-6 (Hyssop)_p9       
 GSM1032388      11_AM-iPS-6 (Hyssop)_p10       

 GSM1032389      12_AM-iPS-8 (Thyme)_p21       
 GSM1032390      13_AM-iPS-8 (Thyme)_p22       
 GSM1032391      14_AM-iPS-8 (Thyme)_p22       
 GSM1032392      15_UtE-iPS-5_p23       
 GSM1032393      16_UtE-iPS-5_p23       
 GSM1032394      17_UtE-iPS-5_p23       
 GSM1032395      18_PAE-iPS-5_p20       
 GSM1032396      19_PAE-iPS-5_p20       
 GSM1032397      20_PAE-iPS-5_p20       
 GSM1032398      21_PAE-iPS-11_p23       
 GSM1032399      22_PAE-iPS-11_p23       
 GSM1032400      23_PAE-iPS-11_p23       
 GSM1032401      24_PAE-iPS-4_p26       
 GSM1032402      25_KhES-2_p31          
 GSM1032403      26_KhES-2_p31          
 GSM1032404      27_KhES-2_p32          
 GSM1032405      28_KhES-2_p32          
 GSM1032406      29_AM-iPS-2 (Clary)_p25       
 GSM1032407      30_AM-iPS-2 (Clary)_p26       
 GSM1032408      31_AM-iPS-2 (Clary)_p27       
 GSM1032409      32_AM-iPS-13 (Basil)_p19       

 GSM1032410      33_PAE-iPS-5_p25       
 GSM1032411      34_PAE-iPS-5_p25       
 GSM1032412      35_PAE-iPS-11_p28       
 GSM1032413      36_PAE-iPS-11_p28       
 GSM1032414      37_UtE-iPS-7_p26       
 GSM1032415      38_UtE-iPS-6_p25       
 GSM1032416      39_UtE-iPS-6_p25       
 GSM1032417      40_UtE-iPS-6_p25       
 GSM1032418      41_PAE-iPS-1_p26       
 GSM1032419      42_PAE-iPS-1_p26       
 GSM1032420      43_PAE-iPS-1_p26       
 GSM1032421      44_KhES-2_p31          
 GSM1032422      45_PAE-iPS-4_p26       
 GSM1032423      46_PAE-iPS-4_p26       
 GSM1032424      47_UtE-iPS-7_p26       
 GSM1032425      48_AM-iPS-13 (Basil)_p17       

 GSM1032426      49_AM-iPS-13 (Basil)_p19       

 GSM1032427      50_PAE-iPS-5_p25       
 GSM1032428      51_PAE-iPS-11_p28       
 GSM1032429      52_MRC-iPS-16 (Fetch)_p13       

 GSM1032430      53_MRC-iPS-25 (Tic)_p17       
 GSM1032431      54_MRC-iPS-40 (Skipper)_p14     
 
 GSM1032432      55_MRC-iPS-40 (Skipper)_p14     
 
 GSM1032433      56_MRC-iPS-40 (Skipper)_p14     
 
 GSM1032434      57_UtE-iPS-6_p30       
 GSM1032435      58_UtE-iPS-6_p30       
 GSM1032436      59_UtE-iPS-6_p30       
 GSM1032437      60_UtE-iPS-7_p31       
 GSM1032438      61_UtE-iPS-7_p31       
 GSM1032439      62_UtE-iPS-7_p31       
 GSM1032440      63_PAE-iPS-1_p31       
 GSM1032441      64_PAE-iPS-1_p31       
 GSM1032442      65_PAE-iPS-1_p31       
 GSM1032443      66_PAE-iPS-4_p31       
 GSM1032444      67_PAE-iPS-4_p31       
 GSM1032445      68_PAE-iPS-4_p31       
 GSM1032446      69_UtE-iPS-7_p26       
 GSM1032447      70_MRC-iPS-16 (Fetch)_p13       

 GSM1032448      71_MRC-iPS-16 (Fetch)_p13       

Uploaded data of the paper "BMC (Saito et al.)"

 GSM1032449      72_201B7_p40           
 GSM1032450      73_201B7_p40           
 GSM1032451      74_253G1_p32           
 GSM1032452      75_253G1_p32           
 GSM1032453      76_KhES-3_p28          
 GSM1032454      77_KhES-3_p28          
 GSM1032455      78_201B7_p40           
 GSM1032456      79_201B7_p40           
 GSM1032457      80_MRC-iPS-25 (Tic)_p17       
 GSM1032458      81_MRC-iPS-25 (Tic)_p17       
 GSM1032459      82_UtE-iPS-5_p18       
 GSM1032460      83_201B7_p53           
 GSM1032461      84_201B7_p53           
 GSM1032462      85_201B7_p53           
 GSM1032463      86_253G1_p42           
 GSM1032464      87_253G1_p42           
 GSM1032465      88_253G1_p42           
 GSM1032466      89_HUES-1_p29          
 GSM1032467      90_HUES-1_p29          
 GSM1032468      91_HUES-1_p29          
 GSM1032469      92_TIG/MKOS #19_p32       
 GSM1032470      93_TIG/MKOS #19_p32       
 GSM1032471      94_TIG/MKOS #19_p32       
 GSM1032472      95_TIG/MKOS #56_p25       
 GSM1032473      96_TIG/MKOS #56_p25       
 GSM1032474      97_TIG/MKOS #56_p25       
 GSM1032475      98_TIG/MKOS #106_p35       
 GSM1032476      99_TIG/MKOS #106_p35       
 GSM1032477      100_TIG/MKOS #106_p35       
 GSM1032478      101_TIG/MKOS #19_p37       
 GSM1032479      102_TIG/MKOS #19_p37       
 GSM1032480      103_TIG/MKOS #19_p37       
 GSM1032481      104_TIG/MKOS #56_p30       
 GSM1032482      105_253G1_p32          
 GSM1032483      106_253G1_p37          
 GSM1032484      107_253G1_p37          
 GSM1032485      108_253G1_p37          
 GSM1032486      109_201B7_p45          
 GSM1032487      110_201B7_p45          
 GSM1032488      111_201B7_p45          
 GSM1032489      112_KhES-3_p28         
 GSM1032490      113_KhES-3_p28         
 GSM1032491      114_KhES-3_p28         
 GSM1032492      115_201B7_p40          
 GSM1032493      116_TIG/MKOS #56_p30       
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 GSM1032495      118_TIG/MKOS #106_p40       
 GSM1032496      119_TIG/MKOS #106_p40       
 GSM1032497      120_TIG/MKOS #106_p40       
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 GSM1032499      122_HUES-1_p37         
 GSM1032500      123_HUES-1_p37         
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        Area:
     Subject: GEO Submissions(GSE42099)
 Transaction: Subject changed to 'GEOSubmissions (GSE42099)' by hylee (18945547)

 

SNP genotyping をncbiにアップロードしてもらいました。何がアップされたかも知りません。今後も続けます。

Title	Increased X-ray sensitivity and sustained chromosomal stability in Ataxia Telangiectasia-derived induced pluripotent stem (AT-iPS) cells
Organism	Homo sapiens
Experiment type	SNP genotyping by SNP array
Summary	Disease-specific induced pluripotent stem (iPS) cells have been used for a model to analyze pathogenesis of the disease. In this study, we generated iPS cells derived from a fibroblastic cell line of ataxia telangiectasia (AT-iPS cells), a neurodegenerative, inherited disease with chromosomal instability and hypersensitivity to ionizing radiation. AT-iPS cells exhibited hypersensitivity to X-ray irradiation, one of the characteristics of the disease. Surprisingly, while parental ataxia telangiectasia cells exhibited significant chromosomal abnormalities, AT-iPS cells did not show any chromosomal instability in vitro, i.e. maintenance of intact chromosomes at least by 80 passages (560 days) probably due to robust stability of pluripotent stem cells such as iPS cells and embryonic stem cells. The whole exome analysis also showed comparable nucleotide substitution speed in AT-iPS cells. Interestingly, after longer period of AT-iPS implantation into immunodeficient mice, teratoma generated by AT-iPS cells exhibited telangiectasia and carcinogenesis that are two characteristic symptoms of ataxia telangiectasia. Taken together, AT-iPS cells would be a good model for ataxia telangiectasia to clarify pathogenesis of the disease, and may allow us to facilitate development of drugs that inhibit ataxia and hypersensitivity to ionizing radiation for therapeutic application.
Overall design	The parental AT1OS fibroblast cells and four independent AT-iPS clones were subjected to Illumina HumanCytoSNP-12 v2.1 BeadChip analysis.
Contributor(s)	Masashi T, Nakabayashi K, Okamura K, Hata K,Umezawa A
Citation missing	Has this study been published? Please update ornotify GEO. Note that private accession will be released, in accordance to guidelines.
Submission date	May 30, 2013
Last update date	May 30, 2013
Contact name	Akihiro Umezawa
E-mail	umezawa@1985.jukuin.keio.ac.jp
Phone	81-3-5494-7047
Fax	81-3-5494-7048
URL	http://1985.jukuin.keio.ac.jp/umezawa/HTML
Organization name	National Center for Child Health and Development
Department	Reproductive Biology
Street address	2-10-1 Okura
City	Setagaya-ku
State/province	Tokyo
ZIP/Postal code	157-8535
Country	Japan
Platforms (1)	GPL13829 Illumina HumanCytoSNP-12 v2.1 BeadChip
Samples (5)  Less...	GSM1151202 AT1OS cells GSM1151203 ATiPS-262 cells at passage 17 GSM1151204 ATiPS-263 cells at passage 27 GSM1151205 ATiPS-264 cells at passage 25 GSM1151206 ATiPS-024 cells at passage 25
Relations
BioProject	PRJNA205892

Supplementary file	Size	Download	File type/resource
GSE47498_non-normalized.txt.gz	20.4 Mb	(http)	TXT
Processed data included within Sample table
Raw data is available on Series record

新しいリプログラミング

リプログラミングが起きている生物現象は以下のものがある。

iPS細胞

着床前胚

配偶子形成

本日、すごい発表をうかがった。

Wilms tumor

Hepatoblastoma

Pacreatoblastoma

上記がOSKMでできるという。リプログラミングだよね。実は本物のリプログラミングって、上記（iPS細胞含む３つ）しかないなあとがっかりしていた。ダイレクト・リプログラミングは違うものね。

プレゼンの力

本日うかがった話で思ったこと。

プレゼンの力はものすごい。スキーマティックな話。

絵が水彩画みたいのがあった。綺麗だったな。

Knoepfler Lab Stem Cell Blog

http://www.ipscell.com/2013/06/jury-is-still-out-on-purported-adult-pluripotent-stem-cells-despite-new-muse-paper/

上記のブログはかなりレベルが高い。どんだけ勉強しているのか分からないくらい。意識が高く、社会への貢献度も大きい。

細胞分類

細胞には、定常状態があるので、分類が不明瞭な中間点のような細胞は存在しない確率が高いと思う。すべて、ある形質（軟骨とか骨とか脂肪とか）に収束し、その状態から逃れられない。一般的にはそうだろう。そんな定常状態の細胞を不死化してあるのが細胞株ってわけだ。

一方、人類とか動物種の分類は収束点のようなものが存在しない。細胞の分化過程での、遺伝子のネットワークの定常状態といったものがないだろうから、中間点のような動物種は存在するだろう。

分類でもいろいろだね。

下に昔書いたブログ記事をコピペ。

培養細胞の変化のしにくさ

　培養している細胞の分化に関するポテンシャルは、変わらない。血液細胞は培養し続けても血液細胞である。分化状態の安定性と変化しやすいという、いささかパラドキシカルな事象が分化という現象の基本であり、転写因子のネットワークであり、ゲノムのメチル化であり、ゲノムのメチル化がその定常状態を産み出す．逆に定常状態が、転写因子のネットワーク、メチル化、ゲノムのメチル化を固定してしまうことも考えられ、その状態を観察すれば分化の定常状態がどのレベルにあるかを指摘できることになる．

ヒト発生の運命

.......ヒトの受精卵は，最後には体中の細胞に変化することができるということと，その過程で生じるさまざまな遺伝子の働き具合をすべて予想してやる。途中は一定の定常状態が存在し，別の定常状態に移動することがヒトの体づくりの運命なんだ。........

ゲノムの転写制限が、前駆細胞や成熟細胞をつくりだす

発生が進むと細胞は多分化能を失っていき，ある限られた細胞にしか分化できなくなる．多分化能を有する細胞からある系統にしか分化できない細胞への移行は，細胞の潜在性の消失または遺伝子発現の制限にほかならない．組織特異的な遺伝子の発現は，組織特異的な転写因子による転写活性と組織特異的なゲノムのメチル化による転写抑制があり，どちらの影響がより強いかは遺伝子ごとに異なる．組織幹細胞の分化における制限はゲノムのメチル化にあり、その構造を意識し改変することが再生医療おける細胞転換のきっかけとなる。

分類の話

昨日、塩野賞の授与式に行った。受賞講演が興味深かった。疾患や組織型といった分類から、原因となる遺伝子変異またはその治療薬に応じた疾患分類が考えられるという話。たとえば、ALKomaとか、MAPK症候群とかがありえる。受賞講演では、ALKomaについてコメントしていたが、別の遺伝子が関わった場合はREToma, RAComaっていうのもありとのこと。

一昨日のS氏との研究打ち合わせでの話。細胞分類とか動物の分類とは、便宜的という話。細胞は形態学的に分類し、機能的に分類し、さまざまな形での分類がある。その分類は便宜的で目的に応じた分類があり、普遍的なものはないという話。たとえば、細胞製剤で細胞の特性を見るときに細胞が何であるかはそんなに重要ではなく、効果効用に即した特性解析を中心におくべきであるという考え方の枠組みを示された。なるほどね。腺細胞って言ったって、他の細胞とは異なることは自明でも細かいところはどうでもいいね。チンパンジーとヒトって言ったって、中間があってもおかしくないしね。細胞だって、重層扁平上皮に近い腺上皮があってもいいし、間葉系に近い上皮があってもいいし。実際あるしね。

このブログのタイトルも関係するね。骨髄間質細胞って、骨髄のうち間充織を埋める細胞を指すけど、その中には脂肪細胞、軟骨細胞、骨芽細胞があり、それぞれ異なる機能を持つ。でも、両方の機能を有する細胞もあるし、どちらかよりという細胞もあるし、両方になれる細胞もあるだろう。転写因子の正フィードバック機能により、discreteな表現形を細胞がとることがほとんどなんだろうけど、中間にある細胞っってあるはず。

ダイレクト・リプログラミングで、この世に存在しない細胞が創れるだろうか。うーむ。分からない。ありそうだし、できそうだし、良く分からない。神様がそんなことはさせじと、正フィードバックとクロマチン高次構造で新規細胞なんてできなそうだけど、鍵のかけわすれって言ってiPS細胞を造れるようにしてあったからね。故意なんだかどうかは分からないけど、どうも故意とは思えないし、新規細胞だってありえる。スーパー間葉系細胞っていって、エネルギーは貯められるし、今より硬い骨はつくるし、壊れない上にこの上ないクッション性を持つ軟骨細胞。えっと考えの枠組みが既存の枠を超えていないぞ。想像を働かせ、俺!!突然、考え始めることができる骨!!あんまり嬉しくないな。全身の骨格筋が心筋細胞からできている。想像すると、とても嬉しくない。

アマゾンで本を買ったので、この話はその本を読んでからまたしよう。

第７回日本エピジェネティクス研究会

2013年度の第７回日本エピジェネティクス研究会に参加しました。能楽堂での研究会です。14年前にウェブに記載した記事との時代を感じました。以下に14年前の記事を貼り付けます。

工学系の学会にて思ったこと　@ 1999年記載

奈良で行われた「細胞工学」という国際学会に行って来ました。工学系の学会でかなり分野の異なる学会で、内容が良く解らないので質問もせずに静かにしておりました。能楽堂で行われ、２方向から聴衆者の目があり、奇異な感じを受けました。
そのような中で、内容が分からない分、発表方法について気が付いたことがありました。３通りの方法で発表が行われました。一番多かったのは、コンピュウタを用いたもので、次がオーバーヘッド・プロジェクターを用いた発表で、残りはスライドでした。私はスライド以外の発表はほとんどしたことがありませんので、奇異な印象を受けました。奇異な印象と言うと変なイメージがありますが、正確に言えば良い意味で驚きました。コンピュウタを用いることで、動画をビデオ無しで示すことが可能となっていました。また、図の一部を変えることができ、それによって明らかに理解が深まりました。ピントがずれて困ることがなくなりました。コンピュウタは基本的に発表者が演題の上から自分で操作しますので、スライド係がいらないように感じました。発表者も練習の時にコンピュウタ上で練習できますので、便利なような気がしました。
欠点として、一番感じたことは発表者がコンピュウタを持って行かなくてはいけない点です。コンピュウタは決して軽くありません。外国からの研究者は、わざわざ海外からコンピュウタを持参したようです。電気のコンセントと電圧の問題はどうしたのか知りませんが、各国で異なる規格があると予想されます。画像の質は、スライドの方がいいはずです。組織の写真やＸ線ではスライドの方がいいと主張する方がいるかもしれません。
本年度の慶應医学会総会でも、コンピュウタで発表した方がいらっしゃいましたし、塾長がスピーチの際に利用するのを拝見したこともあります。自分のまわりでも、じょじょにコンピュウタを利用した学術発表が普通のものになっている現実があります。自分がコンピュウタを使用しない理由も考えてみました。まず、多くのスライドの蓄積があり、その作成方法を含め、慣れています。自分はその発表用のソフトに慣れていません。コンピュウタは重い。また、自分は発表用に使用できるポータブルのコンピュウタを一台も持っていない。言い訳にすぎないかもしれませんが、自分は今の所は使用するつもりはありませんが、動きを伴う発表には大きな力となることは間違いありません。
ここで申し上げたいことは、発表の方法についてです。発表そのものは、個々の発表者のレベルによって大きく異なり、発表方法そのものによる差よりも大きいことは明らかなのですが、コンピュウタによる発表が一番感銘を受けたことは間違いありません。このことは、新しいものが全て良く見えることとは異なります。また、発表の際にコンピュウタを使用した方が、不手際のために学会が遅れることはひとつもなかったことを申し添えます。