次世代シークエンサー

平野隆氏から、貴重な別刷を頂戴した。

どうも自分たちがお願いしているのは、SOLiDというLife Technologies Co. の次世代シークエンサーらしい。SOLiD2, SOLiD3とバージョンアップされているらしい。2009年春にSOLiD3(50リード長）が出ているので、自分たちがやっているのは、SOLiD3かな。SOLiDでは、DNA合成酵素の代わりに８塩基の短いランダムオリゴを基質として、鋳型DNA の相補鎖にハイブリし、DNAライゲースで伸張して塩基配列を決めるらしい。

直径1マイクロメーターのビーズ上で鋳型DNAを増幅させ、3万3千のアンプリコンを形成する。ガラススライドの上に共有結合させて固相化する。一つのガラススライドの上に3億個のビーズを固定する。50塩基読むラウンドを行い、4チャンネルの蛍光イメージングを行う。得られた一次データは塩基でなくカラースペースと言われる0から3の数字で表される配列で出力。SOLiD3は、一回のランで30G塩基相当のリードを得ることが可能である。

このLife Tech. co.のSOLiD以外には、Illumina's GA, Roche's GS Flxがある。